Năm 1350, ở tuổi bốn mươi hai, Longchenpa có một thị kiến về Vimalamitra, trong đó ngài được chỉ dẫn để sửa chữa lại ngôi đền Zhai Lhakhang ở thung lũng Drikung. Đây là nơi mà Nyang Tingdzin Zangpo đã giấu mười bảy Mật điển và các bản văn khác của Vima Nyingthig, sau đó được tìm thấy bởi Dangma Lhungyal. Việc tu bổ ngôi đền này đã đưa Longchenpa đến gần với tu viện Drikung hùng mạnh và vị quan phụ trách dân sự và quân sự đầy tham vọng của họ, gompa (sgom pa) Kunga Rinchen, hay được gọi tắt là Kunrin.¹⁶
Câu chuyện kể rằng, nhận thức được hệ quả nghiệp báo có thể xảy ra từ tham vọng chính trị và khát khao quyền lực tàn nhẫn của mình, Kunrin—một vị tăng—lại càng lo lắng hơn khi một tiên tri của Đại sư Padmasambhava trong một bảo tàng mới được phát hiện dường như dự đoán định mệnh khủng khiếp của Kunrin nếu không được một “hóa thân của Mañjuśrī đến từ phương nam” bảo hộ.¹⁷ Ánh mắt bất an của ông nhanh chóng hướng đến Longchenpa, người nổi danh về học vấn và trí tuệ và đã từ phương nam đến Drikung để sửa chữa đền Zhai Lhakhang. Có lẽ vì lo sợ nhiều hơn là sùng kính, Kunrin cầu xin sự bảo hộ từ Longchenpa và trở thành đệ tử của ngài trong một thời gian.
Với sự suy yếu của quyền lực các lạt-ma Sakya, vốn sụp đổ vào giữa thế kỷ mười bốn, Tây Tạng rơi vào thời kỳ bất ổn chính trị và xã hội, vốn bị gia tăng bởi các cuộc đấu tranh quyền lực ngắn hạn và tàn bạo, kéo dài cho đến khi Đức Đạt Lai Lạt Ma thứ năm xuất hiện hai trăm năm sau. Câu chuyện phức tạp này, đầy những âm mưu tàn nhẫn và bạo lực quân sự, có thể được tóm tắt như sau.¹⁸
Với việc Sakya Paṇḍita (1182–1251) được bổ nhiệm (danh nghĩa) làm người cai trị Tây Tạng bởi Koden Khan, và sự ưu ái của Kublai Khan—cả hai đều là cháu của Thành Cát Tư Hãn—dành cho người cháu của Paṇḍita là Chögyal Phakpa (1235–1280), quyền lực chính trị ở Tây Tạng thực sự đã chuyển vào tay các lãnh đạo của tu viện Sakya, duy trì vị trí thống trị trong khoảng một trăm năm. Tuy nhiên, vị thế của Sakya đã bị thách thức từ ban đầu bởi phái Drikung Kagyu, vốn từng bị quân đội của Kublai đàn áp. Khi Kublai còn tại vị, quyền lực của tu viện Sakya không thể bị lay chuyển, nhưng với cái chết của ông vào năm 1294, ảnh hưởng chính trị của Sakya bắt đầu suy yếu do các vấn đề kế vị trong gia đình các lạt-ma Sakya và sự cai trị tham nhũng của các quan chức bất tài.
Giữa tình hình hỗn loạn vào đầu thế kỷ mười bốn, một tăng trẻ của phái Phakmodrupa tên là Changchub Gyaltsen, vốn là quan trấn thủ tại Nedong, đã xuất hiện như một nhà lãnh đạo có năng lực và thanh liêm, với tài năng chính trị và quân sự. Khi chính quyền Sakya sụp đổ, ông đã có cơ hội thực hiện tham vọng chính trị của mình; trải qua những gian khổ cá nhân, bao gồm cả thời gian bị tù đày và tra tấn, ông đã tập hợp quân đội ủng hộ và dần kiểm soát các tỉnh trung tâm. Để ghi nhận quyền lực của Changchub Gyaltsen và có lẽ nhằm thuần phục nhân vật mới nổi này, nhà cầm quyền Mông Cổ tại Bắc Kinh đã trao cho ông danh hiệu Tai Situ, tức là Đại Sư. Tuy nhiên, quyền lực tuyệt đối vẫn còn xa vời và bị cản trở bởi một số đối thủ, đặc biệt là sự chống đối của Drikung, tập trung vào nhân vật Kunrin.
Dù Longchenpa có ảnh hưởng nhất định lên vị đệ tử đầy sóng gió của mình, những sự kiện sau đó đã cho thấy hiệu quả này chỉ mang tính bề mặt và ngắn ngủi. Bị thách thức bởi những thành công của Tai Situ, Kunrin không thể kiềm chế ham muốn khôi phục vị thế của tu viện mình, và lần này sẵn sàng thực hiện bằng bạo lực nếu cần—một hành động có thể thực hiện được nhờ sự suy yếu dần của ảnh hưởng Mông Cổ ở Tây Tạng kể từ cái chết của Kublai. Đáp lại, Tai Situ đã cô lập đối thủ của mình một cách hệ thống bằng cách làm suy yếu các đồng minh của ông ta, trong đó có vị lama nổi tiếng và có tầm ảnh hưởng từ phương nam, người gần đây đã trở thành đạo sư của Kunrin.
Căng thẳng giữa hai nhà lãnh đạo đầy tham vọng nhanh chóng leo thang. Cuối cùng, Kunrin phạm sai lầm khi thách thức Tai Situ đối đầu, và trong trận chiến sau đó, lực lượng Drikung đã thất bại hoàn toàn và không bao giờ có thể khôi phục. Con đường dẫn đến quyền lực chính trị hoàn toàn giờ đây đã rộng mở cho Tai Situ. Lợi dụng một cuộc chính biến vào năm 1358, trong đó vị lạt-ma cầm quyền của phái Sakya bị một trong các quan của mình ám sát, Tai Situ đã tập hợp quân đội, tiến quân về Sakya, bắt giữ kẻ ám sát, phế truất người kế vị trẻ tuổi của lạt-ma Sakya và tự mình nắm quyền.
Dựa vào độ chính xác của các mốc thời gian trong các tài liệu truyền thống—một giả định vẫn còn chưa chắc chắn—và để thiết lập một trình tự sự kiện hợp lý, có thể kết luận rằng khi Longchenpa đến Zhai Lhakhang vào năm 1350, ông đã nhanh chóng gặp Kunrin. Nhận thức được bản tính ngỗ ngược của ông này và dự đoán rằng xung đột nghiêm trọng sắp xảy ra, Longchenpa quyết định rời khỏi khu vực ngay lập tức. Nhanh chóng vượt qua Lhasa, nơi ngài chỉ vừa thoát khỏi lính của Tai Situ cử đến bắt giữ mình, Longchenpa cùng một nhóm đệ tử bí mật lên đường đến Bhutan, theo truyền thuyết dân gian thì ngài đã cưỡi một con bò yak để đến đó.¹⁹
Cuộc trốn chạy khỏi Tây Tạng đánh dấu một sự thay đổi lớn trong lối sống của Longchenpa. Định cư tại Bumthang, ngài rời bỏ lối sống tu sĩ, kết duyên với bà Kyipala và sinh được hai người con: một con gái vào khoảng năm 1351 và một con trai vào năm 1356. Đến năm 1358, khi Tai Situ chính thức nắm quyền, Longchenpa đã ổn định cuộc sống ở phương nam, tránh xa mọi nguy hiểm.
Trong thời gian ở Bhutan, Longchenpa được cho là đã sáng lập một loạt các tu viện nhỏ, gọi là tám ngôi chùa “ling” (gling) do tất cả các tên của chúng đều kết thúc bằng âm tiết “ling.”²⁰ Trong đó, ngôi chùa đầu tiên và quan trọng nhất là Tharpa Ling, nơi trở thành nơi cư trú chính của Longchenpa và cũng là nơi ngài sáng tác nhiều tác phẩm. Sự hiện diện của ngài để lại dấu ấn sâu sắc trong ký ức dân gian ở Bhutan, dòng dõi huyết thống của ngài vẫn tồn tại cho đến ngày nay và toàn vùng Bumthang ngập tràn những kỷ niệm về ngài. Rõ ràng, Longchenpa rất yêu thích nơi này, và ngài đã ca ngợi vẻ đẹp cũng như sự yên bình của vùng đất qua một bài thơ dài và phong phú. “Không giống như đất của nhân loại,” ngài nói, “đây là một thiên đường được chuyển đến.”²¹
Khoảng mười năm sau khi cư ngụ tại Bumthang, không lâu trước khi viên tịch, Longchenpa rời gia đình ở Bhutan và quay về quê hương. Ngài đã hòa giải với Tai Situ và được cho là đã nhận ông làm đệ tử, truyền dạy cho ông các giáo pháp Nyingthig.²² Ngài cũng dành thời gian trở lại nhiều nơi, bao gồm Zhai Lhakhang và Lhasa, nơi ngài truyền pháp cho đông đảo thính chúng trước khi lui về ẩn cư tại Samyé Chimpu. Ngài viên tịch ở đó vào năm 1363 trong những dấu hiệu kỳ diệu.
