Kho Tàng Bảo Châu Tối Thượng Thừa (theg pa’i mchog rin po che’i mdzod) thuộc bộ bảy kho tàng là một trước tác triết học-hành trì thâm mật của truyền thống Kim Cang thừa, triển khai mạch Đại Viên Mãn (Ati-yoga) nhằm hiển thị yếu nghĩa liễu nghĩa về Căn (Nền tảng), Đạo (Con đường), Quả (Thành tựu).

Quyển I – Căn, Giáo pháp và Thế giới quan (Ch.1–14).
Tác phẩm mở đầu bằng đảnh lễ Đức Phổ Hiền và chư Thượng sư, rồi trình bày Sự kiến lập hiển bày của Tam thân: Pháp thân siêu việt, Báo thân thành tựu đầy đủ công đức và Hóa thân ứng hiện giáo hóa. Đặc trưng của Báo thân là năm điều quyết định (chỗ, thời, thuyết, hội, chủ); Hóa thân tương ưng mười hai hạnh tích của Phật Thích-ca. Các giáo pháp và Mật điển tối thượng được tuyên thuyết tùy thời, tương ưng căn cơ, nối dài mạch truyền thừa của các bậc Trì Minh.

Chương 2: triển khai Y-chánh trang nghiêm: vô lượng tịnh độ phân tầng, thế giới Ta-bà thành bởi các đại (phong, thủy, địa…) và theo chu trình thành-trụ-hoại-không; một đại kiếp gồm 80 trung kiếp, đây là chuẩn mực của Thừa chung.
Chương 3: phân tích các pháp trong luân hồi (uẩn, xứ, giới) do nghiệp-hoặc làm duyên, trên bình diện tục đế–chân đế mà quán chiếu để hiển bày tánh Không và diệu hữu.
Chương 4: đối chiếu các hệ thống tư tưởng: ngoại đạo rơi thường/đoạn, nội đạo được ấn định bởi Tứ pháp ấn và quy y Tam Bảo. Trình tự thừa học: Thanh văn, Duyên giác, Bồ-tát, rồi các tông quán (Duy Thức, Trung Quán) và ba nội mật thừa Đại Du-già, A-nuyoga, Ati-yoga; đỉnh cao lấy trung đạo vô tự tánh làm xương sống.
Chương 5: nêu Mười bảy Mật điển Đại Viên Mãn (rgyud bcu bdun) theo ba nhóm rtsa rgyud–bshad rgyud–rgyab rgyud, cùng nguyên lý liên hệ tự mẫu–âm vận như mạn-đà-la âm thanh dẫn vào nghĩa Không-Minh.
Chương 6: luận bốn quán đảnh (Bình, Bí mật, Trí tuệ, Tứ đỉnh/Ngôn) – cửa ngõ vào Kim Cang thừa.
Chương 7: trình giới-nguyện tam-muội-da (samaya): nền của hành giả Mật là giới thanh tịnh, còn trong Đại Viên Mãn, tự nhiên vô tác là phong cách của kiến, chứ không xóa bỏ hạnh và nghiệp quả.
Chương 8: xác lập Nền tảng (gzhi): thanh tịnh nguyên sơ (ka dag) và tự nhiên thành tựu (lhun grub) bất khả phân – Không và Quang minh song vận, là đất đứng của mọi hiển lộ.
Chương 9–10: giải thích ngã rẽ luân hồi-Niết-bàn: do vô minh không nhận ra tánh hiển lộ của nền tảng nên phát sinh Thập nhị nhân duyên; còn tánh giác (rig pa) tự nhận tự tánh thì tự giải thoát. Các biểu tượng–ẩn dụ minh họa sự rơi vào ngũ độc và phương thức hồi chuyển.
Chương 11–12: bàn thân vi tế: mạch (nāḍī), khí (prāṇa), minh điểm (bindu) – mạn-đà-la của bổn tôn nơi chính thân này; khí trí hướng về Niết-bàn, khí nghiệp hướng về luân hồi – mấu chốt là chuyển khí nhập trung mạch mà hiển bày minh giác.
Cuối quyển, Chương 14: làm rõ A-lại-da thức (kun gzhi rnam shes) và Pháp thân: vọng tâm phân biệt là gốc lưu chuyển; trí tuệ (ye shes) đồng thể Pháp thân, phải được chỉ thẳng và an trụ.

Quyển II – Căn, Đạo, Quả (Ch.14–25).
Chương 15: diễn ngoại đại–nội đại: năm đại ngoài cấu tạo thế giới, năm đại trong biểu lộ nơi thân; viên mãn ngũ đại trong thân Du-già giả chính là luân hồi-Niết-bàn đồng giải thoát.
Chương 16: Chương này giới thiệu về phương pháp hành trì, nếu ai chưa được thọ quán đỉnh thì không được đọc.

Hiển tự nhiên thành của Pháp giới và Trí tuệ: Tam thân (mở rộng thành Ngũ thân: thêm Tự tính thân và Kim cang thân), ngũ quang–ngũ trí và tứ hoạt dụng (tức tai, tăng ích, kính ái, hàng phục) – tất cả tự nhiên hiện thành nơi nền tảng.

Đạo lộ được trình bày theo thứ tự đúng mạch Dzogchen:

1. Dẫn nhập trực tiếp – Ba câu quyết của Garab Dorje (tshig gsum): (i) Chỉ thẳng bản nhiên, (ii) Quyết định một niềm tin không lay chuyển, (iii) An trụ trong giải thoát tự nhiên.

2. Rushen (ru shan) – tiền tu “phân ranh luân hồi-Niết-bàn”, tháo gỡ tập khí thô.

3. Trekchö (khregs chod) – cắt đứt rắn chắc của vọng kiến: an trụ vô công dụng nơi tánh giác, phá tan đồng nhất hóa với tâm phân biệt; giới-nguyện là hộ pháp của kiến.

4. Tögal (thod rgal) – vượt bậc: vận dụng bốn ngọn đăng (sgron ma bzhi) để hiển bày bốn thị kiến: hiển lộ pháp tánh trực chứng → kinh nghiệm tăng trưởng → xác quyết giải thoát → hiện tượng cạn kiệt nơi pháp tánh. Đây là con đường quang minh, đưa đến thân ánh sáng ở bậc thượng căn.

Chương 22: nói dấu hiệu tam mật của hành giả: thân nhẹ nhàng, khẩu nhuận trạch, ý an trú trong tịnh quang; các điềm lành lúc lâm chung và hậu thân như xá lợi, quang tướng là tùy nghiệp-tùy chứng, không phải mục tiêu để chấp trước.
Chương 23: trình Trung ấm (bar do): Tự tánh, Lâm chung, Pháp tánh, Hữu sinh; chuyển di bằng chủng tự là yếu quyết; trong Trung ấm Pháp tánh, Ngũ bộ Phật hiện khởi – chìa khóa là nhận ra quang minh ấy chính tự thân; thời hạn 49 ngày là khuôn phép thường dẫn dụng, song tùy nghiệp lực có sai biệt.
Chương 24: mở cửa cho hạ căn: nương tín-nguyện-hạnh cầu sinh tịnh độ (như Diệu Hỷ v.v.), vun bồi duyên một đời hoặc nhiều đời chứng Bồ-đề; không khẳng định “bất tất thành Phật trong một kiếp” như mệnh đề cứng.
Chương 25: tuyên Quả viên thành tự nhiên: tỉnh giác tan nhập pháp giới thanh tịnh sơ nguyên, Tam thân-Ngũ trí toàn mãn; thân-khẩu-ý-công đức-sự nghiệp trang nghiêm vô tận. Kết luận xác quyết: đây là bí yếu tối thượng, khế hợp phần lớn thánh giáo, cần tàng thủ đúng pháp.